Una parte fundamental de las actividades del Museo Geológico del Sernageomin se centra en sus Colecciones Geológicas, tanto en tareas de investigación como en la labor de darlas a conocer y compartirlas con el mundo social, valorizándolas culturalmente, por intermedio de la exhibición de las mismas en el Museo.

El Museo Geológico cuenta con la siguientes Colecciones Geológicas:

1.- Colección Paleontológica: El Museo conserva todo el material paleontológico recolectado en los trabajos realizados por el Instituto de Investigaciones Geológicas. Comprende la cantidad de 15.000 ejemplares. El 98 % corresponde a invertebrados, que provienen desde el paleozoico hasta el mesozoico. Prácticamente todo este material se encuentra con información detallada, como es: Informe Geológico; Paleontológico; ubicación y Colectores. Esta colección es muy valiosa ya que por su distribución se encuentra representada amplias zonas geográficas del país, siendo la más importante del país. Igualmente tiene un alto valor histórico dada que esta Colección representa recolecciones sistemáticas efectuadas en el país y que se encuentran mencionadas en los primeros trabajos de reconocimiento geológico básico de nuestro territorio nacional.

2.- Colección Petrográfica: El Servicio, a través de sus trabajos de investigación geológica, tiene la posibilidad de contar con la Colección Petrográfica más importante del país. En los últimos años se ha intentado recuperar estas colecciones, para lo cual hay un proyecto permanente que consiste en conservar todas las muestras que son mencionadas en las publicaciones científicas. Una vez reunida la información se procede a reducir las muestras, dejando una muestra representativa de la misma. De este modo, esperamos conservar todas las muestras provenientes de los proyectos geológicos, que desarrolla la Subdirección Nacional de Geología del Sernageomin.

3.- Colección Mineralógica: El Museo Geológico cuenta con una colección mineralógica reducida con alrededor de 500 ejemplares. Las muestras donadas al Museo Geológico han incrementado esta colección con ejemplares de calidad.

4.- Colección de 1.000 cortes pulidos y 8.000 cortes transparentes: Esta Colección proviene de los trabajos desarrollados por el Instituto de Investigaciones Geológicas desde 1957 hasta 1981

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